국세청, 中企 R&D 세액공제 사후검증 1년 유예…상담 전용창구 설치

세종=오세중 기자
2026.02.04 15:45
임광현 국세청장이 4일 대덕연구개발특구내 기업을 방문해 현장 시찰을 하고 있다./사진=국세청 제공.

국세청이 연구개발특구의 중소기업들이 연구개발(R&D)에 집중할 수 있도록 세정 지원에 나선다.

임광현 국세청장은 4일 '첨단기술이 국력이고 국가안보의 핵심기둥'이라는 국민주권정부 기조에 발맞춰 지난 달 김해 수출기업, 포항 철강기업, 여수 석유·화학기업에 이어 오늘 대덕연구개발특구 내 산업 현장을 직접 방문해 국세청의 세정 지원 정책을 공유했다.

이번 간담회는 대한민국 과학기술 혁신의 중심지로서 연구개발의 중추적인 역할을 담당하고 있는 대덕연구개발특구 입주 기업인들의 애로사항을 경청하고 기업의 연구개발 활동을 세정 측면에서 지원하기 위해 마련됐다.

이날 간담회에서 임 청장은 연구개발특구 입주기업 관계자들과 함께 연구개발 기업의 경영상 어려움을 구체적으로 공유하고 이에 대한 해법 마련을 위한 토론의 시간을 가졌다.

한 입주기업 대표는 "연구개발 기업의 특성상 연구개발 성공까지 장기간이 소요되어 경영상 어려움이 크고 대규모의 자금 투입이 필요하다"며 "연구개발특구 입주기업에 대한 R&D 세액공제 사후관리 면제 및 자금 유동성 지원 등 적극적인 세정지원이 필요하다"고 건의했다.

다른 입주기업 대표는 "연구단지에 입주한 신생기업들은 세무분야 지식이 상대적으로 부족하나 특구 내 입주기업들이 직접 소통할 수 있는 창구가 없어 세무상 어려움이 많다"고 의견을 제시했다.

이에 임 청장은 "연구개발은 국가경쟁력의 핵심 동력"이라며 "기업이 세무상 어려움을 극복하고 연구개발 활동에 집중할 수 있도록 △R&D 세액공제 사후검증 1년간 유예 △신산업·신기술 중소기업에 대한 자금 유동성 지원 △세무상담 전용창구 설치 등 적극적인 세정지원을 실시하겠다"고 밝혔다.

이에 따라 국세청은 연구개발 기업이 세무 검증에 대한 부담 없이 연구개발에만 전념할 수 있도록 연구개발특구 내 중소기업(약 1만3500개)에 대한 연구・인력개발비 세액공제 사후검증을 1년간 유예할 계획이다.

또 신산업·신기술 중소기업 등 미래성장 세정지원 기업이 일시적인 자금난으로 납부기한 등의 연장을 신청할 경우 최대 9개월까지 연장하고 최대 1억원 한도로 납세담보를 면제한다.

연구개발 중소기업이 '연구・인력개발비 세액공제 사전심사'를 신청하는 경우 우선처리 대상에 포함하며 접수순서와 관계없이 최우선 심사해 세무상 불확실성을 조기에 해소할 수 있도록 지원한다는 방침이다.

아울러 대전지방국세청은 'R&D 기업 전용 상담창구(핫라인)'를 운영해 연구개발 활동 및 공제대상 비용 여부 등 세액공제 관련 문의에 신속하게 대응할 계획이다.

대덕연구개발특구 중소기업을 위해 공제·감면 및 가업상속공제 등에 대한 찾아가는 설명회와 방문 컨설팅을 실시해 실질적으로 도움이 되는 세제 혜택을 놓치지 않도록 챙기는 동시에 R&D 세액공제 가능 여부 현장 방문설명회와 '연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인' 책자 등 연구개발 관련 도움자료를 다양하게 제공한다.

임 청장은 간담회 마무리 발언에서 "현장중심의 세정지원이 무엇보다 중요한 시점"이라며 "'세금애로 해소센터'를 신설해 세무 관련 궁금증 해결을 지원하고 수집된 불편사항은 제도개선에 반영해 기업하기 좋은 환경 조성에 최선을 다하겠다"고 덧붙였다.

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