검찰에 대한 수사·기소권 분리에 따라 오는 10월2일 새로 출범하는 공소청의 수사 조직이 폐지된다. 대신 수사기관과의 협력과 통제를 위해 중대범죄전담부와 사법통제부가 새로 생긴다. 다만 전체적인 인원은 현재의 검찰청 소속 검사 정원을 그대로 유지하는 등 비슷한 수준을 유지한다.
법무부는 '공소청과 그 소속기관 직제' 제정안과 '검사정원법 시행령' 개정안을 마련해 오는 9일까지 입법예고한다고 4일 밝혔다. 개편안은 수사·기소 분리와 검사의 수사개시권 폐지에 따라 기존 수사 조직을 폐지·통합하고, 수사기관과의 협력 및 사법 통제 기능을 강화하는 내용 등이 담겼다.
먼저 반부패부와 마약·조직범죄부는 통합해 중대범죄부로 재편된다. 검사 수사개시 범죄 관련 정보 분석·검증·평가 기능을 담당하던 범죄정보기획관과 산하 2담당관은 모두 폐지된다.
또 중대범죄에 대한 현장 과학수사 기능이 중수청으로 옮겨지면서, 과학수사부가 폐지된다. 다만 공소 제기 여부 판단과 공소 유지에 필요한 교차 감정, 증거 보존·분석 시스템 운영 등을 담당하는 차장검사급 법과학기획관과 산하 3개과는 유지된다
일선 검찰청에서 직접 수사를 주로 담당하는 인지·합동수사 부서 43개도 전면 폐지된다. 대신 중대범죄 전담 대응을 위한 중대범죄전담부 29개가 설치된다. 중대범죄전담부의 경우 중수청에 설치될 5개의 합동수사과에 대응해 공소제기, 공소유지 단계에서도 수사기관과 협력하게끔 대응체계도 구축된다.
직접수사 기능이 사라지는 대신 보완수사 요구 등 사법통제 기능이 강화되는 만큼 각 지방공소청에는 '사법통제부'가 신설된다. 사법통제부는 불송치 사건에 대한 검토를 전담하면서, 개정 형사소송법에 도입되는 사실관계확인 제도를 활용해 송치사건과 동일한 수준으로 불송치 사건을 면밀히 점검하도록 한다. 만약 검사의 보완수사요구, 시정조치요구를 사법경찰관이 제대로 따르지 않아 직무배제 혹은 징계요구가 필요해질 경우엔 사법통제부에 사건을 재배당해서 사건 검토 후 징계를 요구할 수 있도록 했다.
합동대응 사건 발생 시 각급 공소청의 중대범죄전담부 등 유관 부서를 합동수사단 전담부서로 지정해 검사와 합동수사단이 실질적으로 협력할 수 있도록 했다.
이외에도 형 집행과 송무 기능도 강화된다. 본청 마약·조직범죄부에 있던 범죄수익환수과를 공판송무부로 이관한다. 범죄수익 환수의 경우 서울중앙·남부·부산지방공소청에 범죄수익환수부·과를 설치한다. 또 독립몰수제 도입 후의 업무프로세스도 신속히 구축할 계획이라고 설명했다.
공소청 정원은 검사 2292명, 일반직 6120명 등 8412명으로 현재 인력 규모와 비교해 비슷한 수준이다. 특히 검사수는 현재 검사정원법 시행령의 검찰청 검사 정원 2292명과 같다.