'3달새 몸값 5배' 프로티나, 사업성과 新舊 조화 속 '27년 흑전' 정조준

정기종 기자
2025.11.06 15:58

단백질 간 상호작용(PPI) 빅데이터 분석 서비스, 상반기만 전년 매출액 넘어서
항체 설계 솔루션 '랜드스케이프' 매출 가세…"확장성 기반 27년 흑전 동력"
美 제약사 신규 계약·삼성에피스 협업 국책과제 선정 등 추가 사업 성과 지속

단백질 간 상호작용(PPI) 빅데이터 기업 프로티나가 코스닥 상장 약 3개월 만에 공모가의 5배에 달하는 수준으로 몸값을 끌어올렸다. 기존 주력 사업 매출원 확대 및 신규 매출 반영에 따른 실적 성장 속 다국적 제약사와의 대규모 공급 계약, 국책과제 선정 등 잇따른 성과가 배경이다. 회사는 사업 확장성 높은 신규 매출원 가세를 앞세워 오는 2027년 흑자전환 목표에 박차를 가한다는 목표다.

6일 프로티나에 따르면 이 회사의 주가는 이날 전일 대비 5.3% 하락한 6만4100원으로 장을 마감했다. 전일까지 이어진 7거래일 연속 상승 흐름은 멈췄지만, 장중 역대 최고가(7만4400원)을 경신하며 상승세를 이어갔다. 종가 역시 공모가(1만4000원)의 4.6배에 해당한다. 상장일 종가(7월29일 1만7550원)과 비교해도 300% 가까이 상승했다.

프로티나 기업가치 상승세 배경은 독자 플랫폼 기술 기반의 성과 누적이다. 이 회사의 핵심 기술은 신약개발 전주기에 활용 가능한 PPI 분석 플랫폼 'SPID'다. PPI는 인체 생리 작용을 조절하는 인자로, 그 상호 작용에 불균형이 생길 때 질병이 발생한다. 때문에 PPI를 분석하는 것은 치료를 위한 신약 개발 효율로 연결된다.

회사는 SPID를 기반으로 바이오마커 분석 솔루션 '패스파인더'와 항체 설계 솔루션 '랜드스케이프', 기술 탑재 장비 'SPID 시스템즈' 등 3개의 연계된 사업을 주요 영역으로 하고 있다. 그동안 매출 중심축은 패스파인더였다. 글로벌 제약사 포함 다수 고객사에 기술을 제공해 지난해 전체 매출의 75%에 달하는 21억원 가량을 거둬들였다. 올해 들어선 협업 확대 등에 상반기에만 38억원의 관련 매출을 기록했다.

여기에 지난해 출시된 랜드스케이프 매출이 신규 가세하며 매출 다변화가 본격화 된 상태다. 상반기 매출은 1억원 남짓으로 아직 매출 비중은 6.4% 수준에 불가하지만, 회사가 향후 핵심 사업으로 낙점한 분야다. 정제과정 없이 대량의 항체 후보물질을 고속 스크리닝 해 기존 물질 개량부터 바이오베터 및 항체신약 설계, AI 항체신약 플랫폼 개발까지 아우를 수 있기 때문이다.

패스파인더가 신약 후보의 효과를 예측하는 단계에 활용된다면, 랜드스케이프는 아예 초기 단계 후보 물질을 발굴하고 최적화에 기여한다. 기존 항체 발굴 방식인 파지 디스플레이 방식(최소 8개월) 대비 소요 시간을 4주로 단축한 것은 물론, 단순 분석 서비스 제공을 넘어 자체 개발 신약을 통한 기술수출 또는 공동개발 사업 모델로 확장이 가능한 셈이다. 회사가 랜드스케이프를 상장 당시 목표로 제시한 2027년 흑자전환의 핵심 동력으로 내세운 배경이다.

윤태영 프로티나 대표는 "올해까지는 패스파인더가 성장을 견인하겠지만 이후 흑자전환 역군은 공동개발 및 자체 파이프라인 기술수출이 가능한 랜드스케이프가 될 것"이라며 "실제로 국내 상위 신약개발사 2곳과 다수 비상장 바이오텍들과 협력 논의를 이어가고 있어 연말까지 다수 추가 계약이 기대되며, 무엇보다 랜드스케이프 출시 이후 기존 서비스 매출 모델이 공동개발 및 자체 파이프라인 구축을 통한 단계별 추가 매출 인식이 가능한 구조로 확장되고 있다"고 설명했다.

상장 이후 추가 중인 사업 성과들도 향후 전망을 밝히는 요소다. 지난 9월 미국 소재 다국적 제약사와 12억원 규모의 임상검체 분석 서비스 공급 계약을 체결했고, 이달 들어선 보건복지부가 주관하는 470억원 규모의 국책과제 주관 연구기관으로 선정됐다. 삼성바이오에피스, 서울대학교와 공동 수행하는 해당 과제를 통해 오는 2027년까지 AI로 설계한 10개 항체 신약 후보물질을 개발, 1개는 1상 임상시험계획(IND) 제출을 목표로 하는 과제다. 회사 핵심 기술로 프로티나 SPID 플랫폼이 사용돼 AI 신약의 실질적 성과 도출에 앞장 선다는데 의미가 부여된다.

윤태영 대표는 "회사가 축적한 PPI 빅데이터 기술력으로 항체 신약 개발의 새로운 기준이 되는 것이 목표"라며 "회사 플랫폼 기술을 기반으로 글로벌 시장에서 기술력과 사업성을 모두 입증하겠다"고 말했다.

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