최근 법인이 영업과 기타 업무를 목적으로 취득한 부동산에 대해 본점용 부동산 취득으로 봐 중과세율로 과세하는 사례가 많다. 수도권 과밀억제권역 내에서 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우 취득세가 기준세율보다 2배 중과세된다. 대도시로의 인구유입 및 산업집중을 유발하는 법인의 본점 또는 주사무소의 설립을 억제하기 위해 취득세를 중과하는 것이다. 본점이나 주사무소의 사업용 부동산이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말한다. 문제는 지방세법 본점의 개념에 대해 별도 정의규정을 두지 않다 보니 본점용 부동산에 해당하는지에 대해 과세당국과 납세자 사이에 분쟁이 끊이지 않는다는 것이다.
개별 세법에 별도 정의규정을 두지 않은 이상 특별한 사정이 없는 한 민사법과 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성이나 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합한다. 본점의 개념에 대해 지방세법에 별도 정의규정을 두지 않았으므로 특별한 사정이 없는 한 회사를 규율하는 상법과 동일하게 해석해야 한다(대법원 2007두11092판결). 상법상 회사의 본점이란 회사의 주된 영업소를 의미하므로 복수의 영업소가 있는 경우 총괄적 지휘를 하는 영업소가 본점이며 본점은 그 당연한 전제로 인적·물적 설비를 갖추고 계속해서 사무 또는 사업을 행하는 장소여야 한다.
결국 법인의 본점이란 법인의 주된 기능을 수행하는 장소로서 대표이사 등 임직원이 인적·물적 설비를 갖춘 장소에 상주하면서 기획, 재무, 경영전략 등 법인의 전반적인 사업을 수행하는 경우를 말하며 본점용 부동산이라 함은 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 장소를 뜻한다. 그러나 여전히 명확하지 않은 부분이 있다. 중추적인 역할을 어디까지로 볼지 명확하지 않기 때문이다. 방송제작시설을 본사에 해당하지 않는다고 본 사례도 있지만(지방세운영-167) 본점으로 본 사례도 있다(서울고등법원 2019누53893판결).
요약하면 본점의 '사무소'로 사용하는 부동산이란 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이뤄지는 장소를 말한다고 볼 수 있고 반면 본점의 사무소와 함께 설치됐더라도 본점에서 이뤄지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이뤄지는 장소는 본점의 '사무소'에 해당한다고 보기는 어렵기에 위 '사무소'에 해당하는지는 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려해 개별적·구체적으로 판단해야 한다. 다만 취득세 중과세 대상에 해당하는지는 그 실체 및 현황 등을 객관적이고 구체적인 자료로 판단해야 하고 그 과세요건에 대한 1차 입증책임은 과세관청에 있다.
본점용 부동산에 해당하는지에 대해 논란이 많은 만큼 지방세법 및 그 시행령을 개정해 본점용 부동산에 대해 좀 더 명확히 규정하는 것도 고려해볼 필요가 있다.