요즘 신재생에너지원을 이용하는 전력생산에 지역자원시설세 부과 여부로 논란이 일고 있다. 한편에서는 환경파괴에 대한 원인자부담 원칙 그리고 지방정부의 자주재원 확보 차원에서 태양광발전, 풍력발전, 조력발전 등 신재생에너지원을 활용한 전력생산에 지역자원시설세 특정자원분(이하 지역자원시설세)을 과세해야 한다고 한다. 이미 수력발전, 원자력발전, 화력발전 등에 지역자원시설세가 과세되고 있어 이들 신재생에너지원을 활용한 전력생산에 과세하지 않는 것은 과세형평성에도 어긋난다는 주장이다. 그리고 전력생산을 위해 건설된 발전소로 인해 해당 지역의 환경오염이나 훼손 등 원인자부담 원칙(또는 환경세 과세), 그리고 발전소 주변 지역의 개발제한으로 인한 경제적 후생손실에 대한 보상 차원에서도 이들 전력발전에 지역자원시설세를 부과해야 한다는 것이다.
다른 한편에서는 이들 신재생에너지원을 활용한 전력생산은 녹색성장정책의 핵심으로, 범 정부 차원에서 전략적으로 지원하기 때문에 이들 에너지원을 활용한 전력생산에 지역자원시설세를 과세하는 것은 불가하다는 것이다. 게다가 높은 초기 투자비용 및 생산원가 때문에 일정 수준의 보조금을 지급해야 하는 실정이어서 지역자원시설세를 과세한다는 것은 어렵다는 주장이다.
지역자원시설세는 각 자치단체가 해당지역에 존재하는 과세항목에 과세권을 주장하고, 필요한 경우 적절한 탄력세율의 운영을 통해 지역재정 향상을 도모하는 등 해당 지방정부의 과세자주권을 신장시킬 수 있는 세목이다. 그리고 특수 부존자원을 소비·활용하는 행위에 부과되면서 공공자원 활용에 대한 보상금 또는 벌과금으로 부과되는 사용자부담금적 성격이나 환경세적 성격을 지녔다. 또 과세대상과 표준세율은 법률(지방세법)에 규정했지만 부과에 관한 상세한 내용은 지방조례에 규정해 지방자치단체에 자유재량권을 부여했다. 조세수입은 지역적 편중에 따른 혜택세적 특성도 있다.
고갈될 염려가 없는 재생에너지원인 태양광이나 풍력 등을 이용하는 발전시설은 환경오염물질 배출이나 생태계 교란과 같은 경제적 외부효과를 크게 유발하지 않는 것으로 알려져 있다. 따라서 경제적 외부효과는 적게 발생하고 고도의 기술력을 필요로 해 초기 도입비용이 높은 발전시설에는 단기적으로 지역자원시설세를 과세하지 않는 것이 바람직해 보인다. 단, 장기적으로 기술개발과 환경변화로 비용이 낮아진다면 지방자치단체의 과세자주권과 자주재원 확보 차원에서 과세 여부를 고려해야 한다.
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반면 해저자원인 해양심층수와 천연가스는 매장된 위치가 공해여서 지역자원시설세 과세권의 문제가 존재하지만 자원개발로 인한 환경파괴나 경제적 후생손실은 해당 지역에 온전히 돌아가기 때문에 해당 지방자치단체에서 지역자원시설세를 부과하는 것이 타당할 것으로 판단된다.
현행 지역자원시설세 중 지하수의 세율을 적용할 경우 해양심층수의 채수로 인해 연간 최대 약 23억원(강원 20억원, 경북 약 3억원)의 세수가 징수될 것으로 추정된다. 그리고 울산 앞바다에 위치한 동해가스전에서 생산되는 천연가스는 2010년 생산량 약 42만톤을 기준으로 ㎏당 3원의 세율로 부과할 경우 연간 약 13억원의 세수가 예상된다. 또 조력발전소에서 생산된 전력에 원자력발전의 세율(0.5원/㎾h)을 적용할 경우 연간 7억4000만원의 세수가 기대된다.
아직 이러한 지역자원시설세 확대는 초기단계라 세수규모는 그리 크지 않은 것으로 전망된다. 하지만 지자체의 세원 발굴 노력이 본격화되고 신재생에너지원을 통한 전력생산 비용이 낮아진다면 지방세수에 기여하는 부분은 점차 커질 것이다. 현재 어려운 지방재정 상황을 감안하면 이러한 지역자원시설세 확대가 절실하다 하겠다.