[TheTax] 상속받은 집 여러 채인데 '1주택자'라고?…종부세 아끼는 특례

[TheTax] 상속받은 집 여러 채인데 '1주택자'라고?…종부세 아끼는 특례

세종=오세중 기자
2026.09.12 08:01
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[종합부동산세·합산배제·과세특례]

[편집자주]  세금과 관련된 개념적 정의부터 특수한 사례에서의 세금 문제 등 국세청과 세금 이슈에 대한 이야기들을 알려드립니다.
이미지=머니투데이 DB.
이미지=머니투데이 DB.

#A씨는 상속주택을 여러 채 소유하고 있다. 최근 종합부동산세(종부세) 문제가 불거지면서 모든 주택에 대해 세금을 낼 생각을 하니 막막했다. 그런데 상속주택을 여러 채 소유하고 있어도 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있다는 얘기를 들었다. A씨는 상속주택에 대한 특례 요건이 궁금하다.

결론적으로 말하면 여러 채의 주택을 상속받은 경우에도 법정 요건을 갖춘 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있다.

상속을 원인으로 취득한 주택으로 법정 요건에 맞으려면 △상속개시일부터 5년이 경과하지 않은 주택 △상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택 △상속받은 주택 지분에 해당하는 공시가격이 수도권 6억원(수도권 밖 3억원) 이하인 주택이다.

이처럼 종부세 관련 법령이 복잡해 일반 납세자 입장에서는 어디까지 합산배제나 과세특례를 받을 수 있는 지 헷갈린다.

합산배제 대상인 경우는 임대주택, 사원용주택등과 주택신축용토지의 소유자와 과세특례 대상인 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택·소형 신축주택 소유자 등은 오는 16일부터 30일까지 홈택스 또는 서면으로 합산배제와 과세특례를 신고·신청해야 한다.

합산배제를 신고한 물건은 11월 종부세 정기고지 시 과세대상에서 제외되고 일시적 2주택·상속주택 등의 1세대 1주택자 과세특례를 신청한 납세자는 1세대 1주택자 계산방식이 적용돼 과세혜택을 받을 수 있어서다. 신청을 꼭 해야하는 이유다.

이에 국세청은 납세자의 혼란을 줄이기 위해 합산배제와 과세특례 신고·신청을 받아 이를 11월 종부세 정기고지에 반영하기 위해 지난 9일부터 합산배제 대상 주택 소유자·일시적 2주택자 등 4만8000명에게 신고·신청안내문을 발송했다.

국세청에 따르면 합산배제의 경우 최초로 합산배제 신고를 하거나 합산배제 대상물건을 추가하려는 경우에는 대상물건을 추가(과세대상 제외)하는 신고를 하면 된다. 기존 합산배제 신고한 물건의 소유권, 면적 등 변동사항이 있는 경우도 이를 반영해 합산배제 신고를 다시 해야 한다.

임대등록이 말소됐거나 임대료의 5%를 초과해 임대계약을 갱신하는 등 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 제외(과세대상 포함)하는 신고를 해야 한다. 다만 기존 합산배제 신고서를 제출한 납세자는 신고내용에 변동사항이 없는 경우 별도로 신고할 필요가 없다.

또 과세특례의 경우는 1세대 1주택자가 기존주택을 양도하기 전 다른 주택을 대체취득(일시적 2주택)하거나 상속주택, 지방저가주택을 소유하는 경우 납세자 신청에 따라 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있다.

이같이 합산배제와 과세특례에 대한 궁금증을 질의응답(Q&A)로 자세히 알아본다.

<합산배제>

-지난해 합산배제 신고 후 변동사항이 없는 경우에도 올해 다시 신고?

▶변동사항이 없는 시 신고할 필요 없다. 다만 기존에 합산배제를 신고한 과세대상 물건에 변동(소유권, 면적, 사원용주택의 임차료 등)이 있는 경우 신고기간 내 물건 변동 내역 반영해 신고해야 한다. 임대료 상한을 초과하는 등의 사유로 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우 합산배제 대상에서 '제외' 신고를 해야 함.

-실제 주택 임대하고 있는데도 임대사업자등록을 못한 경우 합산배제 적용 여부.

▶과세기준일(6월1일)현재 실제 주택을 임대하고 있는 납세자는 합산배제 신고기간 종료일(9월 30일)까지 지자체(시·군·구 임대사업자)와 세무서(사업자)에 각각 등록하는 경우 공시가격 등 일정 요건 충족 시 합산배제 적용 가능.

-임대사업자 등록이 말소되면?

▶합산배제 임대주택은 과세기준일 현재 임대사업자 등록을 한 경우에만 적용받을 수 있다. 임대사업자 등록 말소 이후부터 합산배제 적용 불가.

-등록말소된 임대주택을 재등록하면?

▶과세기준일 현재 등록말소된 임대주택을 계속 임대하고 있는 경우로서 합산배제 신고기간 종료일까지 임대주택을 재등록하고 공시가격 등 일정 요건 충족 시 합산배제를 적용 가능.

-아파트는 임대주택 합산배제 적용 여부.

▶장기일반민간임대주택 중 매입임대주택으로 2020년 7월 11일 이후 등록 신청하는 아파트(도시형 생활주택은 제외)는 합산배제를 적용 불가. 또 아파트는 2025년 6월 4일 시행한 단기민간임대주택으로 등록이 불가능해 합산배제 적용 불가.

-합산배제 신고 후 법정 요건을 미충족할 경우.

▶합산배제 신고 후 요건을 충족하지 못한 주택 및 토지에 대해서는 경감받은 세액과 이자상당가산액을 포함해 추가로 납부해야 함. 임대료 상한(5%) 요건을 위반한 임대주택도 해당연도와 그다음 연도(총 2년간)에 합산배제 적용 대상에서 제외.

-임대사업자로 등록하기 이전에 임대한 기간, 의무임대기간에 포함 여부.

▶임대기간은 임대사업자의 지위에서 임대한 기간을 뜻함. 임대사업자로 등록하기 이전의 임대기간은 합산배제 임대주택의 의무 임대기간에 포함되지 않음.

-합산배제 임대주택을 의무임대기간 중 다른 사업자에게 포괄양도한 경우 경감받은 세액 추징 여부.

▶합산배제 임대주택을 세법에서 정한 의무임대기간 중에 다른 사업자에게 포괄양도하면 그동안 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됨.

<1세대 1주택자 및 세율 적용 시 주택 수 산정 특례 관련>

-일시적 2주택 특례를 적용받기 위해 이사할 집 언제 사야하나.

▶종부세 일시적 2주택 특례는 양도소득세와 달리 신규주택 취득 시기에 대한 제한이 없음.

-상속받은 지 5년이 지난 경우로 주택 공시가격 6억원을 초과하면 6월 1일까지 일부를 처분해 6억원 이하 되면 1세대 1주택자 특례 적용 가능?

▶1주택자가 상속받은 주택의 일부를 처분(양도·증여 등)해 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 상속지분율에 상당하는 공시가격이 6억원(수도권 밖 3억원) 이하가 되면 1세대 1주택자 특례 적용 가능.

-상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 경우 지분율(40%)이나 공시가격(6억원,수도권 밖 3억원) 요건을 충족해야 하나.

▶상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 모든 상속주택은 1세대 1주택자 특례 적용 대상이 됨. 상속개시일로부터 5년이 경과한 상속주택도 △소수지분 주택(상속주택의 지분율이 40% 이하) △저가주택(소유 지분율에 상당하는 공시가격이 6억원, 수도권 밖 3억원 이하)인 경우 특례 적용 가능.

-주택 건축물 아빠에게 5년 이전에 상속받고 부속토지 엄마에게 5년 이내 상속받은 경우 1세대 1주택자 특례 적용 여부.

▶1주택의 지분을 여러 차례에 걸쳐 상속받은 경우 그중 일부가 상속받은 지 5년이 넘은 경우에는 '상속개시일 5년 이내 주택' 요건 적용 불가. 다만 상속받은 모든 지분을 합해 소수지분주택(지분율 40% 이하) 또는 저가주택(수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하)에 해당하면 1세대 1주택 특례 가능.

-경기도 읍·면 지역 소재 4억원 이하 주택도 지방 저가주택으로서 1세대 1주택 특례 적용 여부.

▶수도권 소재 주택 1세대 1주택자 특례 적용대상인 지방 저가주택에 해당안 됨. 경기도는 '수도권정비계획법'에 따라 서울시, 인천시와 함께 수도권에 속함. 다만 수도권 중 인구감소지역이면서 접경지역에 해당하는 '경기도 가평·연천군', '인천 강화·옹진군'에 소재하는 지방 저가주택은 특례 가능.

-지방 저가주택 2채 이상 소유한 경우.

▶지방 저가주택은 '1주택'에만 적용. 2채 이상 소유 시 1세대 1주택 특례 불가.

-특례가 적용되는 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택에 오피스텔도 포함 여부.

▶소형 신축주택, 준공후 미분양주택의 범위에 분양사업자가 공급하는 오피스텔도 포함. 과세기준일 현재 주거용으로 사용하는 오피스텔은 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택의 요건을 충족하면 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례 적용 가능.

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