[세제개편안]
정부가 비수도권 기업과 근로자에 대한 세제 혜택을 늘리고, 지방 이전 세제특례의 사후 관리는 강화한다. 지역에 따라 R&D·투자 세액공제율을 차등 적용하고 지방 창업기업에는 최대 70~80%의 세액감면을 제공한다.
재정경제부가 3일 발표한 '2026년 세제개편안'에 따르면 정부는 지방주도성장을 뒷받침하기 위해 조세특례제한법상 R&D 비용 세액공제와 통합투자세액공제에 지역별 계수를 도입한다. 기본 공제율에 수도권 1.0, 비수도권 광역시 등 1.1, 기타 비수도권 1.3, 우대지역 1.5의 계수를 각각 곱하는 방식이다.
이에 따라 기업이 지방에 연구개발 시설이나 투자사업장을 둘수록 더 높은 세액공제율을 적용받게 된다. 비수도권 광역시 등과 우대지역의 구체적 범위는 행정안전부의 지방우대지수 등을 반영해 내년 2월 시행령 개정 때 정할 예정이다.
중소기업 취업자에 대한 근로소득세 감면도 사업장 소재지에 따라 차등화한다. 현행 청년은 취업 후 5년간 근로소득세의 90%를 감면받지만, 개편안은 기타 비수도권에서 근무할 경우 감면 기간을 7년으로, 우대지역은 10년으로 늘린다. 60세 이상·장애인·경력단절자는 3년간 기타 비수도권에서 감면율이 80%, 우대지역에서는 90%로 높아진다.
기업이 비수도권으로 이전하거나 사업장을 새로 지으면서 근로자에게 지급하는 이주수당도 근로소득세를 비과세한다. 비과세 한도는 월 20만원이며 기타 비수도권 우대지역으로 옮길 경우 월 50만원까지다. 적용 기간은 3년이다.
고향사랑기부금 세액공제도 지방에 더 두텁게 적용한다. 기타 비수도권에 10만~20만원을 기부하면 공제율이 현행 40%에서 50%로 높아진다. 특히 기타 비수도권 우대지역에 20만~2000만원을 기부하면 공제율이 현행 15%에서 25%로 높아진다.
지방 창업기업 세제지원도 확대한다. 창업중소기업의 법인세·소득세 감면율은 기타 비수도권 60%, 우대지역 70%로 높아진다. 벤처·에너지신기술·초격차·청년 등 유망 창업중소기업의 감면율은 더 높게 적용한다. 정부가 선정하는 점프업 중소기업도 지원 대상에 포함한다.
다만 정부는 지방 이전 특례가 단순한 세금 감면 수단으로 활용되지 않도록 관리도 강화한다. 세제지원을 받은 기업이 감면 기간 중 이전 지역에 투자·R&D·고용상생출연금으로 사용한 금액이 감면세액의 30%에 못 미치면 차액을 추징한다. 위장 이전이나 고용 감소가 확인될 경우에도 세금을 추징하고 향후 특례 적용을 제한한다.
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전남광주통합특별시 투자진흥지구와 문화산업진흥지구에서 창업하는 기업에는 소득·법인세를 5년간 100%, 이후 2년간 50% 감면하는 특례도 신설한다. 수도권 사업용 부동산을 팔고 기회발전특구 내 부동산을 대체 취득할 때 양도차익 과세를 미루는 특례는 2029년 말까지 3년 연장한다.
