12일 일본정부가 피해지역에 강력한 여진이 발생할 수 있다고 발표한 것으로 알려졌다. 일본 기상청,NHK 등도 추가 여진이 있을 것이라고 예측하고 있다.
일본기상청은 규모 7의 여진이 앞으로 한 달간 계속될 가능성이 있다고 밝혔다. NHK방송은 높이가 최대 10m에 이르는 쓰나미도 다시 닥칠 수 있다고 보도했다. 나고야 대학 지진 화산 방재 연구센터도 "규모 5~6정도의 여진이 하루 이틀 내에 발생할 수 있다"고 발표했다.
한편,11일 도호쿠 지방부근 해저에서 관측사상 최악의 지진이 발생한 이후 간밤에도 나가노현과 도쿄 등지에 규모 6.6에 달하는 여진이 발생했던 것으로 확인됐다. 일본 기상청은 이날 오전 3시 59분경 일본 나가노현 지역에 규모 6.6의 강진이 발생했다고 밝혔다. AP통신도 도쿄에서 규모 6.6의 강진이 발생했다고 보도했다.