중고차 거래 세액공제 축소…"실거래가 숨겨 악용"

중고차 거래 시 적용받던 세액공제제도가 단계적으로 축소된다. 국외자회사 배당금에 대한 법인세 공제 대상도 축소된다. 당기순이익이 10억원을 초과하는 농협·신협 등의 단위조합법인에 대해 적용되던 과세특례세율을 17%로 인상한다.

기획재정부는 정책목적을 달성했거나 정책효과가 미흡한 제도, 과세형평을 저해하는 제도 등을 대상으로 비과세·감면 제도를 정비하겠다며 이같은 방안이 담긴 '세법개정안'을 6일 발표했다.

정부는 중고차에 거래 시 적용되던 '의제매입세액공제' 적용기한을 3년간 연장하되 단계적으로 축소하기로 했다. '의제매입세액공제'제도란 재활용 촉진을 위해 도입된 제도로써 세금계산서를 발급할 수 없는 개인, 간이·면세사업자로부터 중고차를 취득하는 사업자에게 적용한다. 매입 시 실제부담한 부가가치세는 없지만 구입가격의 9/109를 매입세액으로 간주, 세액공제 해준다.

정부는 이 제도를 3년간 연장하되 2016년 전까지 구입가격의 7/107로, 2017년까지는 5/105로 공제율을 낮출 방침이다. 정부는 중고차 거래시장이 매출액을 실거래가보다 낮게 신고하는 등 상대적으로 거래투명성이 낮은 시장이라고 판단, 높은 공제율을 부여할 경우 부당공제 수단으로 악용될 소지가 있어 이같이 결정했다. 다만 재활용 촉진이라는 제도 취지에 따라 적용기한은 연장하되 공제율은 축소하기로 했다.

농협·신협 등 단위조합법인의 당기순이익에 9%의 단일세율로 법인세를 과세하는 조합법인 과세특례에 대해서는 3년간 연장하되 당기순이익 10억원 초과분에 대해서는 특례세율을 17%인상하기로 했다. 일반법인의 경우 과표구간에 따라 10~22%까지의 법인세를 납부한다. 정부는 과세 정상화를 통해 중소기업 등 일반법인과의 형평성을 높일 필요가 있다고 판단, 일반법인의 세부담 수준을 감안해 적용세율을 조정했다.

'간접외국납부 세액공제'제도에 대해서는 적용 범위를 현행 축소하기로 했다. '간접외국납부 세액공제'제도란 내국법인(모회사)이 국외자회사로부터 배당을 받은 경우 국외자회사의 외국법인세 납부세액 중 배당비율 상당분을 국내모회사 법인세에서 공제해주던 제도다. 정부는 국내·외 투자간 과세형평성을 위해 공제대상을 현행 자·손회사에서 자회사만 적용받도록 축소하겠다는 것이다. 국외자회사 지분율 역시 현행 10% 이상에서 25%이상으로 높일 방침이다.

사립대학에 BTO(Build-Transfer-Operate) 방식으로 공급한 학교시설에 적용되던 부가가치세 면제 제도는 종료된다. 민간투자법에 따른 사회기반시설 중 사립학교의 시설에만 면세를 적용하는 것은 다른 사회기반시설과의 형평성을 해친다는 판단에서다.

BTO란 기숙사, 철도, 도로 등의 시설을 민간이 건설하되 소유권은 정부 또는 지자체가 갖는 것을 말한다. 일정기간 동안 민간이 시설을 운영해 거둬들인 수입으로 투자금을 회수한다.