조세심판원이 최근 납세자에게 과세전적부심사청구권 행사의 기회를 부여하지 않은 것은 중대한 절차적 하자라고 결정했다(조세심판원 2025년 4월10일자 2024서5752결정).
과세관청이 세무조사 후 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지해야 하고 과세예고통지서를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 과세관청 등에 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있다. 과세전적부심사제도는 납세자의 권익향상과 세정의 선진화를 위해 도입된 것으로 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가진다. 논란이 되는 것은 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 청구 관련 규정을 적용하지 않는다는 부분이다(국세기본법 제81조의15 제2항 제3호). 이 규정은 제척기간 만료가 임박한 상황에서 과세전적부심사 절차가 진행될 경우 과세권 행사가 불가능해지는 것을 막기 위해 도입된 것이지만 반대로 과세관청이 제척기간 만료일 전 3개월이 되는 시점까지 기다렸다가 과세예고통지를 하면 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않을 수 있다는 부작용도 발생할 수 있다. 결국 3개월 예외규정은 악용을 막기 위해서라도 엄격하고도 제한적인 범위에서만 적용돼야 한다.
법원 역시 적법절차의 준수를 중요하게 생각한다. 헌법 제12조 제1항은 적법한 절차에 의하지 않고는 처벌받지 않는다고 규정했는데 이러한 적법절차의 원칙은 국가작용 전반에 적용되므로 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 적법절차의 원칙을 준수해야 한다(대법원 2012두911판결 참조). 대법원은 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정했다는 등의 특별한 사정이 없는 한 과세예고통지 후 과세전적부심사에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후 이뤄져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사제도 자체를 형해화할 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백해 무효라고 판단했다(대법원 2016두49228결정).
조세심판원 역시 같은 입장이다. 즉, 과세관청이 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 않다 제척기간 만료일이 임박한 경우까지 위 3개월 예외규정이 적용되는 것은 아니며 이런 사유로 납세자에게 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지 않을 경우 중대한 절차적 하자가 있다고 판단했다.
따라서 과세관청이 납세자에게 세금을 부과하고자 할 경우 과세전적부심사청구권 행사의 기회는 보장돼야 한다.